Podstawą prywatności w WhatsApp jest to, że osobiste wiadomości i połączenia są w pełni szyfrowane, więc tylko nadawca i odbiorca mogą je zobaczyć, odsłuchać czy udostępnić. Rozszerzono zakres prywatności, dodając kolejne warstwy ochrony, takie jak znikające wiadomości i zabezpieczenie dostępu do czatu.